Até 2009, os cientistas acreditavam existir uma única espécie de raia manta (M. birostris – “oceânica”), quando uma segunda foi descrita (M. alfredi – “de recife”); ambas estão classificadas como vulneráveis na lista vermelha IUCN (União Internacional para a Conservação da Natureza e dos Recursos Naturais).

O Projeto Mantas do Brasil está em uma cooperação internacional de cientistas para decifrar a possibilidade de existência uma terceira espécie, latino-americana, que habitaria desde o Golfo do México até o sudeste brasileiro.